Exhibe muestras de arte religioso, principalmente pinturas de las escuelas cuzqueñas, costeñas y cajamarquinas, los que suman alrededor de 60 lienzos. Consta de cuatro ambientes dispuestos alrededor de un patio central o claustro, en los que se pueden apreciar imágenes antiguas, indumentarias, muebles y objetos menores de uso litúrgico. Los ambientes en los que actualmente funciona el museo, son adaptaciones de antiguas celdas de los franciscanos.