Este museo fue creado el 15 de octubre de 1995, gracias a la gestión de la misión arqueológica de la Universidad de Tokio, al apoyo económico brindado por la embajada de Japón en el Perú, así como también de la colaboración de los pobladores. el Museo posee dos plantas, con las siguientes salas exposición: Sala de Origen, Sala de Oro y una Sala de material orgánico. Los servicios con que cuenta son: sala de conferencias, audiovisuales, gabinete de arqueología, casa o residencia del arqueólogo.El museo exhibe objetos de cerámica, metales, textiles y elementos naturales encontrados durante las excavaciones en el Complejo Kuntur Wasi.